为推动少年军校这一教育形式的健康发展，使之逐步走向系统化、正规化和科学化的轨道，全国少工委于1996年决定成立中国少年军校总校。中国少年军校总校由团中央、全国少工委、解放军总政治部、教育部、公安部、武警部队、国家国防教育办公室等相关部门组成，是围绕全国基层少年军校开展工作的管理和服务机构。
中国少年军校总校直属全国少工委领导，归口中国少先队事业发展中心管理。中国少年军校总校办公室由中国少年军校总校直接领导，是负责少年军校总校日常工作的实施、操作机构，设在中国少先队事业发展中心。
